創立於西元1910年（宣統二年），由美國南部浸信會傳教士樂靈生創辦。民國24年（西元1935年）12月至民國79年（西元1990年），戚慶才牧師主持該堂工作。1940年，教堂遷至西摩路（今陝西北路），毗鄰宋氏宅邸；1942年新堂落成，是上海基督教主要教堂之一。1958年，上海的教堂被迫從原有208座合併為22座，至1965年再次減少為11座，該堂都得以保留；直至1966年，被迫關閉。1980年12月28日，懷恩堂重新開放，恢復禮拜，至今在冊信徒已超萬人。該堂係上海市立優秀歷史保護建築。