主体大楼高20米，分为三层，第一层层高6.5米，第二层和第三层层高8米；分为展品制作与保存、科普活动与学术报告、地质地貌厅、影像厅和餐饮休闲厅、植物厅和动物厅。展品以动植物姿态标本，动物骨骼、血管铸型标本，植物腊、木材特型标本，矿石、盐结晶标本为主，以生物模型、自然景观复原（生境柜）、互动参与机械及电子展品为辅的展示模式。博物馆展示内容依据科学系统进行策划分类，以单元篇章形式展现给参观者。