侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆现为正县级事业单位，隶属于南京市委宣传部，馆内设立一室四部五个部门，即办公室、资料陈列部、展览工作部、人事财务部、技术设备部。侵华日军南京大屠杀史研究会（下辖“日本历史教科书问题研究分会”）挂靠该馆。馆里设立党支部。多年来，特别是近几年来，该馆围绕场馆建设做了不懈努力，并在硬件环境改造建设、文物资料征集研究、对外宣传扩大影响、队伍建设提高素质等方面取得了明显效果。